Zapyškio Šv. Jono Krikštytojo bažnyčia stovi Zapyškio miestelyje Kauno rajone ant Nemuno kairiojo kranto, prie kelio 140 Kaunas–Zapyškis–Šakiai. Iki bažnyčios galima atvykti automobiliu. Prie bažnyčios yra automobilių parkavimo aikštelė, tačiau vasaros laikotarpiu vietų skaičius gana ribotas.

Iki Zapyškio Šv. Jono Krikštytojo bažnyčios iš Kauno miesto galima atvykti ir vietinio (priemiestinio) reguliaraus susisiekimo autobusu Nr. 165, o taip pat tarpmiestiniais autobusais. Atstumas nuo Zapyškio miestelio centre esančios autobusų stotelės – 600 m.